1. Wykonywanie prac obliczeniowych (in silico) ukierunkowanych na identyfikację związków chemicznych o potencjalnie ulepszonych wł…

1. Wykonywanie prac obliczeniowych (in silico) ukierunkowanych na identyfikację związków chemicznych o potencjalnie ulepszonych właściwościach hamowania koagulaz w porównaniu do związków referencyjnych: dryokrasyny (Dryocrassin) ABBA oraz bilobytyny (Bilobetin)2. Opracowanie oraz udokumentowanie modeli farmakoforowych dla dryokrasyny i bilobytyny, w tym przygotowanie i standaryzacja danych wejściowych (struktury, konformacje, cechy farmakoforowe) oraz opis przyjętych parametrów i założeń 3. Przeszukiwanie wskazanych baz danych i/lub bibliotek związków z wykorzystaniem opracowanych farmakoforów w celu wytypowania kandydatów strukturalnie podobnych, o potencjalnie korzystniejszych właściwościach inhibitorowych. 4. Ocena oddziaływań wytypowanych kandydatów z koagulazami, obejmująca przewidywanie miejsca wiązania oraz szacowanie energii/afinity wiązania z zastosowaniem metod modelowania molekularnego. 5. Weryfikacja i interpretacja wyników przewidywań na podstawie modeli struktur koagulaz uzyskanych metodą AlphaFold3 (AF3), z uwzględnieniem ewolucyjnie zróżnicowanych wariantów koagulaz. 6. Sporządzanie okresowych zestawień wyników i dokumentacji prac, w tym co najmniej: rankingu kandydatów, krótkiego opisu kluczowych interakcji oraz przekazanie plików wynikowych/raportów Zleceniodawcy w uzgodnionej formie (np. raport PDF wraz z plikami projektowymi)